Cumhuriyet, geçmişteki umut verici hatıralarına rağmen inkar edilemez bir çürümüşlükle kaplanmıştı. Hantal bürokrasi herhangi bir reform girişimini yavaşlatmaktaydı ve çoğu delege yozlaşmış, bir değişiklik yapmayacak kadar hallerinden memnundular. Oy hakları ellerinde alınmış olma hissi galakside özellikle ağır vergilendirme sisteminin iyileştirme servisleriyle dengelenmediği sistemlerde arttı.
Bu düzensizlikte Cumhuriyet’e bir ders vermeye niyetli karizmatik bir adam olan, eski jedi, Kont Dooku girişimde bulundu. Statüsko alt üst edilebilirdi ve radikal değişim için bir fırsat doğmuştu.Dooku giderek ivme kazanan popüler bir Ayrılıkçı harekete liderlik etti, ve iki kısa yıl içerisinde binlerce yıldız sisteminden oluşan bir takipçi kitlesine sahip oldu.
Bin yıllık tarihinde ilk defa savaş ürpertisi Cumhuriyet’i sardı. Kahraman Jedi Şövalyelerinin, Ayrılıkçılar tarafından kışkırtılan şiddetin önlenmesi için sayıları yetersizdi. Yüce Başkan Palpatine görüşmelerin barışçıl bir şekilde çözüme ulaşacağından kendinden emindi, fakat herkes onun kadar soğukkanlı değildi.
Telaşlanan senatörler Cumhuriyet ordusunun oluşturulması için çağrıda bulundu. Askeri yaratma oylamaya sunulmalıydı ve çoğu Cumhuriyet ordusunun kurulmasının sadece sivil savaş için katalizör olacağına inanıyorlardı. Oylama muhalefet lideri Padmé Amidala’ya yapılan suikast girişimiyle ertelendi.
Senatodaki kimsenin bilmediği birşey Ayrılıkçıların savaş için hazırlandığıydı. Kont Dooku, Birleşik İttifak,Ticaret Federasyonu, Tekno Birliği,Bankacılık Klanı,Ticaret Birliği gibi galaksideki ticaretin en önemli yapıtaşları olan kurumları reform ve kapitalizme katı bağlılık sözleriyle elde etmeye çalıştı. Karşılık olarak bu kitleler uçsuz bucaksız ordularını Ayrılıkçı harekete teslim ettiler. Galaksiye baştanbaşa dağılan droid ordusuyla, Ayrılıkçılar, Cumhuriyeti bastırabileceklerdi. Dooku kendinden emin bir şekilde on bin sistemin daha Ayrılıkçılara katılacağını düşünmekteydi.
Tekno Birliğinin Droid Dökümhane gezegeni Geonosis’deki karanlık bir konferans odasında, Kont Dooku önerisini sundu ve Bağımsız Sistemler Konfederasyonu resmi olarak kuruldu. Bu toplantıya, Cumhuriyeti bu dehşete düşüren gelişmeden haberdar eden, Jedi Şövalyesi Obi-Wan Kenobi kulak misafiri oldu.
Cumhuriyet, yeni yaratılmış klon ordusuyla, Ayrılıkçılara, gezegenlerine ani bir saldırıda bulunarak cevap verdi. Sonuç olarak ortaya çıkan çatışma ile, Ayrılıkçılar ile Cumhuriyet arasındaki Klon Savaşları başlamış oldu.
